一般にスーパーで売られているのは、ケージ飼いの無精卵です。最近はデパートやスーパーでも有精卵を見かけることが多くなりました。有精卵の生産には、オスの鶏も一緒に飼う必要があります。完全な有精卵となるようにするには、10羽のメス鶏に対して１羽程度のオス鶏が必要と言われています。
つまり、たまごが採れるメス鶏以外に、オス鶏を飼うための餌代が別にかかることになります。また、ケージ飼いより広い飼育場所が必要です。このため、無精卵より効果になっています。
栄養素の違いについては、分析しても差はほとんど認められません。ただ、有精卵は温めるとヒヨコになる力を持っているため、無精卵より栄養的に優れていると思っている人が多いのではないでしょうか。また、オスとメスが放し飼いの状態で飼われることから、自然に近い飼育方法が好まれているのかもしれません。
栄養成分分析ではほとんどありませんが、現代の分析方法では計り知れないものが含まれている可能性がないともいえませんね。